Das Bildungswesen hat in Passau eine lange Tradition. Bald nach der kirchenrechtlichen Errichtung des Bistums 739 wurde hier am Bischofssitz eine Domschule zur Ausbildung des Klerus errichtet. Die Vita des hl. Godehard, des Abtes von Niederaltaich, rühmt ihre wissenschaftliche Blüte im 9. Jahrhundert. Im hohen Mittelalter ist die Domschule durch die Namen von m a g i s t r i bezeugt, die sie geleitet haben. Sie verfiel, als allenthalben Universitäten gegründet wurden (z.B. 1365 in Wien, wo nunmehr die Passauer Kleriker ausgebildet wurden), und sank zu einer Lateinschule herab.
Im 16. Jahrhundert bemühte sich Fürstbischof Wolfgang von Salm durch die Gründung einer Privatschule neben der Domschule die Jugend seiner Verwandtschaft im Geist des Humanismus zu erziehen. Diese trug zum ersten Mal in Passau den Namen „Gymnasium“. Da sie nicht im Geiste der Kirche ausgerichtet war, hatte sie nur kurzen Bestand. Gegen Ende dieses Jahrhunderts war es um die Domschule „übel bestellt“. Daher holte Fürstbischof Erzherzog Leopold von Österreich die Jesuiten nach Passau. Am 20. März 1612 überreichte er dem Provinzial der österreichischen Ordensprovinz den in deutscher Sprache abgefassten „Stiftbrief“. Zugleich stellte er aus eigenem Vermögen die für den Bau und den Unterhalt des Kollegiums nötigen Geldmittel zur Verfügung.
Am 27. März 1612 begannen die Jesuiten im „Steuberschen Haus“ (heute Schustergasse 1) den Unterricht. Am 1. November dieses Jahres wurde an der Südwestecke der Grundstein für das Kollegiengebäude – das heutige Leopoldinum – gelegt. 1617 war es unter Dach, und ein Jahr später bezogen die Jesuiten ihr neues Heim. Die Stadtbrände von 1662 und 1680 zogen es schwer in Mitleidenschaft. Trug das Gebäude ursprünglich ein Satteldach, so wurden 1664 Dachstirnmauern hochgezogen, hinter denen ein Pultdach abfällt, so dass es das uns vertraute Aussehen eines Quadrums erhielt, das das Bild der Altstadt an der Innseite beherrscht.
Das Schullokal war vom Kollegiengebäude getrennt. Ihren Unterricht erhielten die Schüler zuerst im „Steuberschen“, von 1615 an, nach starkem Anwachsen der Schülerzahl, im „Rottmaierschen Haus“, dessen Lage heute in der Altstadt nicht mehr genau auszumachen ist. Ein neues Schulhaus erstand. Es fasste die Klassräume und einen Theatersaal für rund 2000 Personen und stand an der Stelle, an der sich heute das Gebäude der Kath.-Theol. Fakultät der Universität Passau befindet.
In fünf Klassen („scholae inferiores“) wurde hauptsächlich Sprachunterricht erteilt, der das Ziel hatte, die Schüler im vollendeten Gebrauch des Lateins zu erziehen.
1622 wurde eine philosophisch-theologische Hochschule („scholae superiores“) angegliedert, 1767 wurden juristische Vorlesungen angeboten und gegen Ende des 18. Jahrhunderts zeitweise auch medizinische.
Als 1773 der Jesuitenorden aufgehoben wurde, führte der Fürstbischof von Passau die Schule als „Episcopale et Academicum Gymnasium“ weiter. Nach der Säkularisation 1803 übernahm das Land Bayern die Schule als „Churfürstlich baierisches Gymnasium“. In diesem Jahr wurden die Gymnasialklassen in das Kollegiengebäude verlegt, wo sie seither unterrichtet werden. Von den Fakultäten der Akademie (oder „Lyceums“) wurden die theologische und die juristische aufgehoben, die philosophische durfte bestehen bleiben. Erst 1833 wurde das Lyceum mit theologischen Kursen wiedererrichtet (1923 in „Philosophisch-Theologische Hochschule Passau“ umbenannt).
Von 1806 bis 1892 trug das Gymnasium den Namen „Königliche Studienanstalt zu Passau“, von 1892 bis zum Ende der Monarchie „Königlich humanistisches Gymnasium in Passau“ und von 1918 bis 1965 „Humanistisches Gymnasium Passau“. Seit 1965 heißt es „Gymnasium Leopoldinum“.
